W Szkole Podstawowej dla Dziewcząt dziewczynki uczą się klasach niekoedukacyjnych. Rodzice, którzy powołali do życia Szkołę Fregata stawiają na całościowy, zrównoważony rozwój swoich dzieci. Realizacji tego założenia sprzyja kształcenie w klasach niekoedukacyjnych.

Naturalne różnice powodują, że zarówno chłopiec, jak i dziewczynka - aby wykorzystać - cały swój potencjał, potrzebują odmiennych metod w pracy wychowawczej (inaczej uczy się dziewczynki lojalności, szczerość, przyjaźni, inaczej też wychowuje się je do wiary) i dydaktycznej, innych sposobów komunikacji (do dziewcząt należy mówić ciszej i spokojniej), innych warunków otoczenia (optymalna temperatura dla dziewcząt to 24 st. C, przy niższej nie potrafią się skupić). Kiedy dziewczyny uczą się w klasach żeńskich bez obaw podejmują wyzwania w dziedzinach określanych jako typowo męskie (sport, nauki ścisłe, zawody inżynierskie). W efekcie, kształcenie w klasach zróżnicowanych służy równości płci i jako takie spełnia zadanie stawiane sobie przez placówki koedukacyjne. Zarówno dziewczyny jaki i chłopcy rosną w poczuciu własnej wartości płynącej z faktu bycia kobietą lub mężczyzną, co przekłada się na większy szacunek dla drugiej płci zgodnie z zasadą - różni, ale równi.